Syeikh Muda Waly bukan hanya berperan dalam menyebarkan ilmu agama saja.Tapi beliau memiliki andil yang besar dalam mempertahankan kemerdekaan dan keutuhan Republik Indonesia. Dalam mempertahankan proklamasi 17 agustus 1945 para ulama Aceh tampil kedepan dengan mengeluarkan fatwa jihad fi sabilillah dan mendirikan barisan barisan perjuangan. Pada tanggal 18 Zulqa`dah 1364 Teungku Syeikh Hasan Krueng Kalee mengeluarkan fatwa dengan menyatakan bahwa perjuangan mempertahankan Republik Indonesia dan berperang menentang musuh-musuh Allah adalah suatu kewajiban dan apabila mati dalam peperangan itu akan mendapat pahala syahid. Disamping itu juga diterangkan pula hendaklah ummat islam mengorbankan jiwa dan harta untuk menolong agama Allah dan menolong negara yang sah. Fatwa itu disebarkan luas keseluruh Aceh melalui pemuda pemuda Aceh yang tergabung dalam Barisan Pemuda Indonesia yang kemudian menjadi Pemuda republic Indonesia.
Berdasarkan itu Syeikh Muda Waly di Labuhan Haji memperkuat fatwa tersebut melalui pengajian-pengajian dan ceramah-ceramah umum. Bahkan beliau menjabat sebagai pimpinan tertinggi dalam barisan Hizbullah, meskipun dalam pelaksanaannya banyak diserahkan kepada keponakannya yang juga merupakan seorang ulama muda yang kemudian menjadi menantu beliau. Di samping itu PERTI yang dipimpin oleh Nya` Diwan telah membawa satu barisan perjuangan dari Sumatra Barat yang disebut Lasymi (Laskar Muslimin Indonesia). Antara kedua laskar ini saling mengisi demi memperjuangkan Ahlussunnah dan mempertahankan kedaulatan Negara dari tangan penjajah.
Peristiwa berdarah di Aceh
Dalam mempertahankan keutuhan negara Indonesia beliau juga memiliki peran ynag sangat penting. Pada tanggal 13 Muharram 1373 /21 september 1953 meletuslah peristwa berdarah di Aceh yaitu peristiwa DI/TII yang dipimpin oleh Tgk. Muhammad Daud Bereueh, mantan gubernur militer Aceh Langkat dan Tanah Karo dan mantan gubernur Aceh dan merupakan salah seorang pemimpin utama PUSA (Persatuan Ulama Seluruh Aceh). Beliau memang tidak bergabung dalam PUSA karena sebagian besar ulama yang bergabung dalam PUSA telah terpengaruh dengan ide pembaruan dalam Islam dari Minangkabau.
Dalam hal ini para ulama besar di Aceh yang terdiri dari Kaum Tua antara lain Syeikh Muda waly, Syeikh Hasan Krueng Kalee, Teungku Abdul Salam Meuraksa, Teungku Saleh Mesigit Raya dan ulama lainnya tidak mendukung gerakan ini, karena mereka mengetahui bahwa latar belakang kejadian ini bukanlah hal-hal yang dikaitkan dengan agama tetapi hanyalah hal-hal yang dikaitkan dengan dunia semata. Oleh karena itu para ulama tersebut mengeluarkan fatwa mengutuk pemberontakan tersebut atas nama para ulama-ulama tersebut. Tetapi karena semua ulama tersebut berada dalam PERTI maka penonjolannya lebih terlihat atas nama PERTI. Teungku Syeikh Muda Waly pada tanggal 18 November 1959 dalam suatu rapat umum di Labuhan Haji mengharamkan pemberontakan tersebut, dan beliau menyatakan siap memberi bantuan menurut kesanggupan beliau.
Para ulama-ulama tersebut sangat menyayangkan kenapa faktor faktor pemberontakan tersebut tidak di musyawarahkan terlebih dahulu dengan para ulama-ulama besar di Aceh. Sehingga segala permasalahan dapat diselesaikan tanpa harus melalui peristiwa berdarah. Karena jasa beliau itu, beliau pernah diundang oleh Presiden Sukarno ke istana Bogor pada tahun 1957untuk menghadiri Konferensi Ulama Indonesia untuk memutuskan kedudukan Presiden Sukarno menurut Islam.