Dalam Pasal 3, Peraturan Walikota Banda Aceh No.61 Tahun 2016 menjelaskan Struktur Organisasi Dinas Pendidikan Dayah Sebagai berikut:
(1) Susunan Organisasi Dinas Pendidikan Dayah, terdiri dari :
a. Kepala Dinas;
b. Sekretariat;
c. Bidang Sarana Prasaranan dan Pengembangan Dayah;
d. Bidang Pembinaan SDM dan Manajemen;
e. Kepala Subbagian;
f. Kepala Seksi;
g. UPTD;
h. Kelompok Jabatan Fungsional;
(2) Sekretariat, terdiri dari :
a. Subbagian Keuangan, Program dan Pelaporan;
b. Subbagian Umum, Kepegawaian dan Aset
(3) Bidang Sarana Prasaranan dan Pengembangan Dayah, terdiri dari :
a. Seksi Sarana dan Prasarana
b. Seksi Pengembangan Dayah.
(4) Bidang Pembinaan SDM dan Manajemen, terdiri dari :
a. Seksi Pembinaan Sumber Daya Manusia;
b. Seksi Pembinaan Manajemen Dayah.