Eksistensi Dinas Pendidikan Dayah, Lahir sejak 31 Desember 2017. Hal ini termaktub dalam Qanun Kota Banda Aceh Nomor 11 Tahun 2016 tentang Pembentukan Perangkat Daerah Kota Banda Aceh, menyebutkan untuk menyelenggarakan urusan wajib lainnya yang menjadi kewenangan pemerintah Aceh yang harus diselenggarakan oleh Pemerintah Kota di bidang pelaksanaan syariat Islam, pelayanan Pertanahan, pendidikabn, Adat serta peran ulama dalam menetapkan kebijakan kota maka dibentuk Dinas Pendidikan Dayah, menyelenggarakan urusan pemerintah dibidang pembinaan pendidikan Agama Islam.
Dasar Pembentukannya sesuai dengan Peraturan Pemerintah No.18 Tahun 2016, dengan mengadopsi karakteristik daerah dan ke Istiwewaan Aceh. Lebih lanjut Penjabaran Tugas Pokok, Fungsi dan Kewenangan Dinas Pendidikan Dayah diatur dalam Peraturan Walikota Banda Aceh Nomor 61 Tahun 2016.
Dalam Peraturan Walikota Banda Aceh Nomor 61 Tahun 2016 tentang Susunan, Kedudukan, Tugas, Fungsi, Kewenangan dan Tata Kerja Dinas Pendidikan Dayah Kota Banda Aceh, Pasal 7 menyebutkan tugas Dinas Pendidikan Dayah yaitu melaksanakan urusan pemerintahan dibidang Pembinaan Agama Islam yang menjadi Kewenangan Kota dan Tugas Pembantuan yang diberikan oleh Kota.
Untuk melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam pasal 7, Dinas Pendidikan Dayah mempunyai fungsi antara lain;
a. Perumusan kebijakan di bidang pembinaan pendidikan agama Islam;
b. Pelaksanaan kebijakan dibidang pembinaan pendidikan Agama Islam;
c. pelaksanaan evaluasi dan pelaporan di bidang pembinaan Agama Islam;
d. pelaksanaan administrasi Dinas Pendidikan Dayah sesuai dengan lingkup tugasnya;
e. pelaaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Walikota terkait dengan tugas dan fungsinya.
Dalam Pelaksanaan tugas dan fungsinya, Dinas Pendidikan Dayah memiliki kewenangan antara lain:
a.mengembangkan dan mengatur lembaga pendidikan dayah;
b. menetapkan kebijakan dan fasilitasi penerimaan santri dari masyarakat kurang mampu;
c. melaksanakan koordinasi, fasilitasi, pemantauan dan evaluasi pelaksanaan ujian dayah/pesantren dan diniyah;
d. membantu penyelenggaraan ujian dayah/pesantren dan diniyah sesuai dengen peraturan perundang-undangan;
e. pembinaan kurikulum, akreditasi dan fasilitasi kesejahteraan tenaga pengajar; dan
f. menyelenggarakan pelatihan, penataran dan kerjasama dalam rangka peningkatan kualitas tenaga pengajar.