Dinas Pendidikan Dayah Kota Banda Aceh yang lahir dari perjuangan Panjang Para Pimpinan Dayah dan Para Legislatif Kota Banda Aceh adalah salah satu Institusi baru. Keberadaan lembaga ini dulunya melekat pada Dinas Syariat Islam sejak Tahun 2008 hingga 30 Desember 2017. Akan tetapi sejak lahirnya PP No.18 Tahun 2016, dan Permendagri No.95 Tahun 2016, Disdik Dayah merupakan salah satu lembaga Keistimewaan Aceh disamping 10 Lembaga Keistimewaan Aceh.
Dalam Perspektif Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 95 Tahun 2016 ada dua jenis perangkat Daerah yaitu, Pertama perangkat Daerah yang melaksanakan urusan Pemerintahan dan Kedua Perangkat Daerah yang melaksanakan urusan keistimewaan dan kekhususan.
Ada 10 Perangkat daerah yang melaksanakan kekhususan dan keistimewaan antara lain:
- Kerukon Katibul Wali/Sekretariat Wali Nanggroe
- Dinas Syariat Islam
- Dinas Pendidikan Dayah
- Dinas Pertanahan Aceh
- Sekretariat Majelis Permusyawaratan Ulama
- Sekretariat Majelis Adat Aceh
- Sekretariat Majelis Pendidikan Aceh
- Sekretariat Baitul Mal Aceh
- Sekretariat Badan Reintegrasi Aceh
10 Satuan Polisi Pamong Praja dan Wilayatul Hisbah
Rabu, 6 Juli 2017, Punggawa Disdik Dayah Kota Banda Aceh kembali melakukan Program Jak Saweu Dayah, sebagai upaya dalam merekatkan harmonisasi antara ulama dan umara sekaligus memuliakan ulama dalam segenap proses administrasi. Kegiatan ini menjadi penting ungkap Muhammad Syarif, SHI, MH Kabid SDM dan Manajemen. Lebih lanjut Syarif mengatakan dalam waktu dekat ini Disdik Dayah akan melaksanakan Workshop Manajemen bagi Guru dan tenaga Administrasi di Dayah, yang diamini oleh Saiful, S.Ag Kepala Seksi Manajemen.